Das Untersuchungsprogramm ist in zwei Forschungsmodule gegliedert: Im Forschungsmodul A "Anlagenbedingte Wirkungen" werden die direkten Schäden an Fischen untersucht und bewertet. Dazu werden Fische der natürlich vorkommenden Fischartengemeinschaft der jeweiligen Gewässer nach der Turbinenpassage mittels spezieller Fangnetze, sogenannter "Hamennetze" gefangen und auf Rechen- und Turbinenschäden hin untersucht. Da Hamennetze selbst ebenfalls Fischschäden verursachen können, werden zusätzlich Versuche mit standardisierten Fischzugaben oberhalb und unterhalb der Turbine durchgeführt. Die Befischungen werden zu unterschiedlichen Jahreszeiten vorgenommen und die gegebenenfalls auftretenden Fischschäden in verschiedenen Klassen erfasst. Im Forschungsmodul B "Ökologische Auswirkungen" werden das Fischartenspektrum, am Gewässergrund lebende Kleintiere, Wasserpflanzen und Aufwuchsalgen sowie wichtige Umweltfaktoren im Ober- und Unterwasser der Wasserkraftanlagen vor und nach dem Kraftwerksbau vergleichend untersucht. Dadurch können Veränderungen bezüglich der Zusammensetzung der aquatischen Lebensgemeinschaften und der vorliegenden Lebensräume über den Untersuchungszeitraum erfasst werden. Weitere Informationen zum fischökologischen Monitoring finden Sie im "Energieatlas Bayern" [2].